Utilizando o PDFTK

Juntando PDF’s no Linux

Suponha que você tenha 6 PDFs e queira mesclá-los em um só! Usando o pdftk isso fica bem fácil!
Para instalar no Ubuntu o pdftk:

sudo apt-get install pdftk

Vamos supor que os PDFs que você pretende mesclar tem os seguintes nomes:

Aula1.pdf Aula2.pdf Aula3.pdf Aula4.pdf

Comando:

pdtk Aula*.pdf cat output Aulas.pdf

Pronto!

Dividindo Pdf`s no Linux

pdftk Arquivo.pdf burst

* Desta forma cada página do arquivo será separada em um arquivo independente e nomeados como pg_0001.pdf, pg_0002.pdf e assim por diante.

Selecionando páginas a serem separadas:

pdftk Arquivo.pdf cat 1-5 10-12 output PaginasSelecionadas.pdf

* O arquivo PaginasSelecionadas.pdf será criado com as páginas de 1 a 5 e de 10 a 12 do arquivo Arquivo.pdf.

Pode-se remover uma determinada página repetindo o comando anterior alterando apenas os parâmetros. Por exemplo, remover a página 5 de um arquivo:

pdftk Arquivo.pdf cat 1-4 6-end output NovoArquivo.pdf

Você pode também criar um relatório com os metadados e "jogá-los" em um .txt:

pdftk Arquivo.pdf dump_data output relatorio.txt

Maiores informações podem ser obtidas no manual no pdftk em pdftk-1.12/pdftk.1.txt.
http://www.accesspdf.com/article.php/20041129180128366